The Structure Matrix ist einer der fünf grundlegenden Source Codes, die den CentreBrain am Laufen halten, und die gelbe Matrix, die für die Forschung im mittleren Spielverlauf verwendet wird. Sie wird zu einem wichtigen Meilenstein im Fortschritt, weil ihr Rezept Titanium Crystal erfordert, was wiederum Titanbarren und Organic Crystal benötigt. Da Titanium nicht auf dem Start-Planet spawnt, ist die Produktion von Structure Matrices oft der erste Zeitpunkt, an dem der Spieler eine ernsthafte Logistik außerhalb der Welt aufbauen muss.
Ihre Rolle in der Forschung ist besonders wichtig, weil die Technologie, die Interstellare Logistikstation freischaltet, Structure Matrices benötigt und zugleich der Schlüssel zur Automatisierung ihrer Produktion ist. In der Praxis entsteht dadurch eine kurze, aber bedeutende Bootstrap-Phase: Eine kleine Menge Structure Matrices kann man meist noch manuell herstellen, um die Logistikkette freizuschalten, die sie später in großen Mengen produzieren wird. Ist das erledigt, markieren Structure Matrices den Punkt, an dem das Spiel in interplanetare und dann interstellare Expansion übergeht.
Das Grundrezept ist vom Konzept her relativ einfach, die Zutaten sind es jedoch nicht. Diamant wird aus Coal durch mehrere Schmelzschritte hergestellt, und Titankristall benötigt sowohl Titanbarren als auch Organischer Kristall. Das bedeutet, dass die eigentliche Komplexität im Aufbau der Lieferkette für die Zwischenprodukte liegt, nicht in der Matrix selbst. Deshalb kann es sich lohnen, die Eingänge zu proliferieren; die zusätzliche Ausbeute aus der kohleintensiven Diamant-Linie und die allgemeine Komplexität der Kette können die Investition rentabel machen.
Eine Assembling Machine Mk.II, die Titankristall herstellt, reicht für zwei Matrix-Labor, die Structure Matrices herstellen.
Eine Assembling Machine Mk.I reicht für 1.5 Matrix-Labor, und zwei reichen für drei.
Eine Assembling Machine Mk.III reicht für drei Matrix-Labor.
Der schwierigste Teil der frühen Produktion von Structure Matrices ist meist die Versorgung mit Titanbarren. Da der Startplanet keine Titanader hat, muss der Spieler zu einem anderen Planeten reisen, um sie abzubauen, und dort dann zumindest eine grundlegende Produktionsanlage mit Stromversorgung, Minern, Schmelzöfen und oft auch Verteidigung aufbauen. Zunächst bedeutet das in der Regel wiederholte manuelle Reisen zwischen den Planeten, um Materialien zu transportieren, bis die Logistik aufgebaut ist.
Organischer Kristall ist ein weiterer großer Engpass. Für seine Herstellung werden Ressourcen verwendet, die auf dem Startplaneten verfügbar sind, darunter Rohöl und Kohle, aber die gesamte Produktionskette ist lang und infrastrukturlastig. Außerdem benötigt sie beträchtliche Mengen an Strom und Fläche, daher ist die Produktion auf einer großen Fläche mit konzentrierten Ölvorkommen am einfachsten. Für eine 1/s Organischer Kristall-Linie aus Rohöl wird der Gesamtaufbau sehr groß, daher ist es wichtig, den Block für die Ölverarbeitung sorgfältig zu planen.
Da die Forschung mit Strukturmatrix oft große Mengen verlangt, kann eine kleine Produktionslinie das Freischalten von Technologien merklich verlangsamen. Die Linie zu erweitern ist eine Möglichkeit, aber Proliferator beschleunigt den Fortschritt ebenfalls wirksam, besonders wenn er sowohl auf die Structure-Matrix-Produktion als auch auf die Forschungslinie selbst angewendet wird. Der Einsatz von Proliferator Typ II auf der Matrixlinie erhöht die Ausbeute, und wenn er auf die Labore angewendet wird, zählt jede Einheit für mehr Forschungsfortschritt. Bei Forschung, die große Mengen an Strukturmatrix verbraucht, kann das die insgesamt benötigte Menge drastisch senken. Ein Pufferlager vor den Labors ist ebenfalls nützlich, da sich die Matrizen weiter ansammeln, wann immer die Forschungslinie sie nicht verbraucht.
